سید مرتضی حسینی در سال 1376 هجری شمسی دیپلم خود را در نظام قدیم رشته‌ی علوم تجربی در دبیرستان شهید چمران اسلامشهر اخذ کرد. از زمستان سال 1378 تحصیلات خود را در زمینه‌ی علوم حوزوی در جامعة المصطفی (مرکز جهانی سابق) آغاز نمود و از سال 1380 به تحقیق و پژوهش روی‌آورد. او در سال 1381 در پنجمین دوره‌ی ‌جشنواره‌ی شیخ طوسی که با موضوع مهدویت برگزار می‌شد شرکت کرد و با ارائه‌ی مقاله‌ی مدعیان مهدویت در طول تاریخ اسلام رتبه‌ی سوم را در بخش مقالات ویژه‌ به خود اختصاص داد. در تابستان سال 1382 با ارائه‌ی مقاله‌ی فاطمه (س) از منظر اندیشمندان در زمره‌ی برگزیدگان کنگره‌ی سراسری فاطمه‌شناسی که در دانشگاه شهرکرد برگزار می‌گردید، قرار گرفت و به ارائه‌ی مقاله پرداخت. در همانسال، در ششمین دوره‌ی جشنواره‌ی شیخ طوسی که با موضوع حقوق و شخصیت زن برگزار گردید شرکت کرد و با نگارش مقاله‌ی زن از یونان باستان تا تمدن اسلام رتبه‌ی سوم در بخش مقالات ویژه‌ را کسب نمود. از سال 1382 تحصیلات تخصصی در رشته‌ی تاریخ اسلام را آغاز کرد. در سال 1383 هفتمین دوره‌ی جشنواره‌ی شیخ طوسی با موضوع اخلاق و تربیت اسلامی برگزار گردید. در این دوره از جشنواره، مقاله‌ی او با عنوان اخلاق تبلیغ در سیره‌ی رسول الله (ص) حائز رتبه‌ی دوم در بخش مقالات ویژه گردید. در بهار سال 1384 برای کنگره‌ی سراسری فاطمه شناسی که در شهر قم برگزار گردید مقاله‌ای با عنوان فاطمه (س) در کلام الهی و معصومان نگاشت که در زمره‌ی برگزیدگان این کنگره قرار گرفت. در همانسال، مقاله‌ی دیگری با عنوان امام علی (ع) طلایه‌دار وحدت امت اسلامی نگاشت که این نگاشته در هشتمین دوره از جشنواره‌ی شیخ طوسی(ره) در بخش مقالات ویژه حائز رتبه‌ی سوم گردید. در سال 1385 نیز، این مقاله را درپاسخ به فراخوان صراط المستقیم مؤسسه‌ی تحقیقاتی امام علی(ع) ارائه‌ نمود و در زمره‌ی مقالات برگزیده قرار گرفت. همانسال، مقاله‌ای با عنوان اهمیت و جایگاه اعتکاف در متون و آموزه‌های دینی نگاشت که این مقاله در همایش سراسری حیات طیبه(معتکفین) که در قم برگزار شد، رتبه‌ی نخست را به خود اختصاص داد. وی در سال 1386 در آزمون کارشناسی ارشد رشته‌ی تاریخ حائز رتبه‌ی پنجم آزمون شد. وی در دومین دوره از جشنواره پژوهشی علامه حلی با ارائه مقاله "امام صادق(ع) از نظر اهل سنت" رتبه چهارم را  جشنواره را به خود اختصاص داد و در دوازدهمین دوره از جشنواره بین المللی - پژوهشی شیخ طوسی به عنوان "نویسنده برتر" نشریات جامعه المصطفی برگزیده شد.